Modifiqué el título de tu mensaje .. (no era demasiado claro para lo que preguntas) ...
Sobre lo que tu quieres .. exiten algunos de pago muy buenos y completos para adminitrar un sitio por completo con todas esas funcionalidades. Por ejemplo:
Cpanel,Plesk, Helm o Ensim
(usa google para más información)
Ahora . deberías especificar que es eso de "conectar con base de datos" .. por qué una cosa es "conectarse" (tus scripts . .tus aplicaciones) y otra bien distinta es el concepto de "administrar" esa Base de datos a nivel de lo que hace por ejemplo phpMyadmin (
www.phpmyadmin.net) que lo puedes probar por si no lo conoces. De hecho estos "cPanel" y demás lo usan como un "módulo más" para ese tema concreto.
El tema de administrar archivos vía "web" .. en sitios como
www.hotscripts.com aplicaciones ya hechas de esa categoría .. buscalos en la sección "file manipulation". (de Scripts and programs)
Un saludo,