Ya tenía instalado Php-Nuke 7.7, Mysql 5 y ejecuté el script nuke.sql que crea la base de datos con sus 90 y tantas tablas. También Phpmyadmin y PHP5.
Config.php tiene referenciado la información en sus directivas :
$dbhost = "localhost";
$dbuname = "root";
$dbpass = "root";
$dbname = "referencias";
$prefix = "nuke";
$user_prefix = "nuke";
$dbtype = "MySQL";
El problema es que se carga el nuke de www.Zona-Nuke.com, en vez de cargar el nuke que tengo creado en /var/www/nuke/ : http://localhost/index.php.