Hola Fario13,
creo que tienes por delante una tarea laboriosa como mínimo. Si quieres pasar de prestashop a otro software, intenta buscar herramientas creadas para la exportación e importación.
Si no las encuentras, tendras que crearlas tu.
Los pasos que yo seguiria son:
1.- Estudiar la base de datos de prestashop y como guarda los ficheros.
2.- Diseñar la base de datos para la nueva aplicación pensando siempre en los datos que puedo obtener de prestashop.
3.- Crear pequeños script para ir exportando/importando los datos/ficheros de prestashop a la nueva aplicación.
También podrias buscar un software solo de exportación de datos (
http://addons.prestashop.com/es/14-export) y crear tu un software de importación a partir de los datos importados. Quizás así sea mas facil, si ya tienes los datos en un cvs, exel, ...