Pues he estado dándole vueltas a un problema desde hace como 3 días. Modifiqué mi template en el localhost normalmente, lo comprimí en zip y lo subí desde el panel administrador de Joomla. El susodicho subió normalmente, pero cuando le voy a hacer los ajustes en línea a los archivos, resulta que no me dejó guardarlos (Error 550 de acceso en 5 programas FTP distintos, 3 en Windows y 2 usando Linux), ni siquiera permitió subir nuevos archivos al directorio. Es más ¡No permitió que cambiara los permisos ni por FTP ni por el administrador de fichero del hosting, aún entrando como root! Fue frustrante. Pensé que había configurado algo mal en el panel del hosting y hasta solicité la ayuda del porveedor de servicios.
Y ahora me doy cuenta que la forma correcta de subir los archivos es subiendo la carpeta normalmente por FTP y luego ir al panel de Joomla y escoger el template. No sé qué hace Joomla que bloquea la escritura de archivos cuando se suben los templates vía ZIP.
Pues si a alguien le ha pasado lo mismo, ahí está la solución para Joomla: suban las carpetas descomprimidas por FTP y olvídense de las subidas por panel
Saludos.