Una de las formas mas faciles de manejar todo en Divs y sin tanta complicacion es usar un grid para posicionar todo en tu pagina.
Pero si lo quieres hacer todo desde cero tendras que tomar en cuenta que:
Debes poner en cero todos los margenes y paddings de la pagina ya que IE aunque no le hayas definido margenes te pone un margen base SIEMPRE. por lo que poner todo a cero
Te evitara muchos dolores de cabeza que yo pase al iniciar con diseño de divs.
Como sabras IE padece de muchos problemas con la interpretación de CSS asi que saber que algunas cosas como que la propiedad display:table-cell no funciona en IE pero si en otros navegadores te evitara problemas y dolores de cabeza.
No todas las propiedades CSS son interpretadas correctamente por IE por lo que un float:right puede parecer bien en Firefox o en Safari u Opera pero en IE puede lucir diferente.
La propiedad clear:both sera una gran compañera para desplegar correctamente la altura de tu pagina.
Estas son algunas de las cosas que te puedo decir que te ayudaran para empezar.