Solucionado!
concretamente este script puedes usarlo cuando exportes desde indesign, pues Indesign tras la exportación los eBooks no se ven correctamente.
Ten encuenta: 
1º lo he testeado desde el terminal de Mac
2º el ebook cuando lo descomprimes tiene la siguiente roota:
./ePub/OEBPS/css/idGeneratedStyles.css 
3º el archivo css original tras exportarlo de indesign se llama:
idGeneratedStyles.css 
4º Tu simplemente tendrías que sustituir los nombres de tus stylos por los que pone abajo, por ejemplo:
en lugar de:
if grep -qr L0-R0-I4 $f; then 
pondrías:
if grep -qr MI_ESTILO_CSS $f; then  
5º en este script se modifica solo el margin-left, margin-right y text-indent, pero tu puedes escoger las propiedades que desees. 
6º el script simplemente se encargará de:
-  dividir todo tu CSS en archivos, 
- eliminar las propiedades margin-left, margin-right y text-indent
- reemplazar el signo } por tus propiedades correctas. 
7º Después si lo deseas también puedes eliminar todos los archivos CSS que se han creado y juntarlos todos en 1, que se debe llamar idGeneratedStyles.css.
Haciendo esto:    
Código BASH:
Ver original- ############ 
- # Delete the original CSS 
- rm ./ePub/OEBPS/css/idGeneratedStyles.css; 
- # merge the css files 
- cat ./ePub/OEBPS/css/GeneratedStyles* > ./ePub/OEBPS/css/idGeneratedStyles.css; 
- # If you're using bash (the default shell), the extglob shell option allows you to use an extended pattern matching syntax. 
- shopt -s extglob 
- #remove all files except the idGeneratedStyles.css 
- rm -r ./ePub/OEBPS/css/!(idGeneratedStyles.css) 
-   
- sudo chown -Rv root ./ePub 
- chmod -R 777 ./ePub 
8º También puedes eliminar lineas concretas de CSS:   
Código BASH:
Ver original- # DELETE CSS LINES. It´s optional. Delete specific lines creating a temporally file, from your CSS for show the pictures with a right size on devices 
- for x in ./ePub/OEBPS/css/idGeneratedStyles.css; 
- do 
- sed '2257,2258d' <"$x" >"$x.tmp" 
- mv "$x.tmp" "$x" 
- done 
- for x in ./ePub/OEBPS/css/idGeneratedStyles.css; 
- do 
- sed '2271,2272d' <"$x" >"$x.tmp" 
- mv "$x.tmp" "$x" 
- done 
9º  
Bueno tras esta descripción aqui, esta el código:     
Código BASH:
Ver original- #!/bin/bash 
-   
- ##################################################################################### 
- ###START### MODIFY ALL BLEEDING STYLES FOR NICE APPEARANCE ON EPUB AND MOBI ######### 
- ##################################################################################### 
- # Split all the CSS styles from the Adobe Indesign into a separate files 
- cat ./ePub/OEBPS/css/idGeneratedStyles.css | ( 
- I=0; 
- echo "">./ePub/OEBPS/css/GeneratedStyles0; 
- while read line; 
- do 
- echo $line >> ./ePub/OEBPS/css/GeneratedStyles$I; 
- if [ "$line" == '}' ]; 
- then I=$[I+1]; 
- echo "" > ./ePub/OEBPS/css/GeneratedStyles$I; 
- fi 
- done; 
- ) 
-   
- sudo chown -Rv root ./ePub/OEBPS/css/* 
- chmod -R 777 ./ePub/OEBPS/css/* 
- for f in `ls ./ePub/OEBPS/css/GeneratedStyles*` ; do 
- ############ 
- if grep -qr L0-R0-I4 $f; then  
-          
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's#}#margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}#g;' $f 
- echo "working on css file $I %"; 
- fi 
-   
- ############ 
- if grep -qr L0-R0-I5 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
-   
- ############ 
- if grep -qr L0-R0-I3 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g;' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
- ############ 
- if grep -qr L0-R0-I5 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
-   
- ############ 
- if grep -qr L6-R0-I-4 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g;' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
- ############ 
- if grep -qr L6-R6-I0 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
-   
- ############ 
- if grep -qr L6-R6-I3 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g;' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
- ############ 
- if grep -qr L14-R4-I-5 $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g;' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
- ############ 
- if grep -qr CHAPTER_eBook_03-Biblio-entry---2-lines-List-1-to-9---EBOOK $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
-   
- ############ 
- if grep -qr CHAPTER_eBook_03-Biblio-entry---subtitle-List-1-to-9---EBOOK $f; then 
- #delete the bad bleeding 
- perl -i -ne'/margin-left/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/margin-right/ or print' $f; 
- perl -i -ne'/text-indent/ or print' $f; 
-   
- #add the right bledding 
- perl -pi -w -e 's/}/margin-left:0;margin-right:0;text-indent:1em;\}/g;' $f 
- echo "working on css file $f %"; 
- fi; 
- done; 
-   
-   
-   
-   
-   
-   
- ###END### MODIFY ALL BLEEDING STYLES FOR NICE APPEARANCE ON EPUB AND MOBI ######### 
- #####################################################################################