(Este es una extracción, solo tiene las capas, filas, etcéteras que son relevantes al problema xD)
Código HTML:
<div id="container"> <table> <tr><td> <div id="header">Esta es la capa que tiene z-index 2, pero se queda abajo ¬¬</div> </td></tr> <tr><td> <div id="main"> <div id="image">Esta es la capa que tiene z-index 1 esta se queda arriba =(</div> </div> </td></tr> </table> </div>