Lo que haya dentro de cada documento que llamas mediante include SÓLO debes tener las etiquetas y el contenido. Nada más:
Ejemplo, tengas un documento que contiene el menú al que llamas
menu.php
Su contenido sería algo así como:
Código html:
Ver original <li><a href="... ... ... Inicio</a></li> <li><a href="... ... ... Sobre Nos</a></li> <li><a href="... ... ... Contacto</a></li> <li><a href="... ... ... Otro Item</a></li>
pues este "menu.php será el que incluyas en tu index.php, y es ahí donde deberás hacer la llamada a tu hoja de estilos, amén de tener el resto de etiquetas que debe llevar toda página (como el doctype, el head, body...)
Un saludo
P.D.: pero soy de la misma opinión que Alexk, esta consulta sería mejor respondida en php