cual es la mejor forma de superponer capas?

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Hola, he visto que la técnica de superponer imágenes gif o png transparentes está muy de moda, pero no se exactamente como lo hacen. Es decir, supongo que hacen una div fuera de la estructura y luego la superponen dandole un valor absoluto,¿pero que tal si el sitio tiene medidas en porcentajes, no se descuadraría?, o tal ves la meten dentro de un div que la contiene ¿pero esto funcionaría en todos los navegadores?. Bueno yo he hecho varias pruebas y ninguna me convence, espero que me puedan explicar la forma correcta de hacerlo.