Remplazar letras de una cadena

[Biokari]

Hola

Bueno, tengo un gran problema. Quiero programar una herramienta que trabaja secuencias nucleotidicas (biologia), es una cadena de caracteres simplemente. La secuancia es la siguiente:

ATCTTTCTTGGC

tengo que hacer la inversa, la complementaria y la inversa complementaria. O sea:

secuencia ATCTTTCTTGGC

inversa CGGTTCTTTCTA (o sea lo mismo pero leido al reves)

complementaria A-->T C-->G y vice versa, entonces en mi ejemplo es:

ATCTTTCTTGGC (ejemplo)
TAGAAAGAACCG (complementaria)


Bueno utilisé BufferedReader para leer mi secuencia (secuencia.txt) y con StringBuffer (reverse) logré hacer la inversa.

Bueno el problema es que no se como hacer la complementaria!!!, no soy buena en estas cosas, y estoy recien empezando. Si alguien me pudiese ayudar se lo agradeceria enormemente. Y si me lo puede explicar con peras y manzanas sera mejor, jejejej.

Muchas gracias de antemano

Código:

public static void main(String[] args) throws IOException {
		// TODO Auto-generated method stub
	
		
		BufferedReader textfil=new BufferedReader(new FileReader("S1.txt"));
		
		try {
			String line;
			while(textfil.ready()){
	                        line = textfil.readLine(); 
	                        
	        String ch=line;
	        StringBuffer chBuf=new StringBuffer(ch); System.out.println("Sequence  "+chBuf);
	        
	        chBuf.reverse();	System.out.println("Sequence inverse  "+chBuf);
	        	        
			}			
		}
		finally {
			textfil.close();
		}
					
	}

No esta muy bonito quizas pero funciona, jajaja, igual cualquier sugerencia será bienvenida.

[Biokari]

Ehhh nadie me puede ayudar????

[farfar]

Hola que tal, pues aqui esta para el complementario

Código:

public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException, IOException {
        // TODO code application logic here

        BufferedReader textfil=new BufferedReader(new FileReader("S1.txt"));

		try {
			String line;
			while(textfil.ready()){
	                        line = textfil.readLine();

	        String ch=line;
	        StringBuffer chBuf=new StringBuffer(ch); System.out.println("Sequence  "+chBuf);

	        chBuf.reverse();	System.out.println("Sequence inverse  "+chBuf);


                System.out.println("Complementaria:");


                for(int i = 0; i < chBuf.length(); i++){

                    
                    char caract = chBuf.charAt(i);
                    char acum = Main.Convert(caract);
                    

                    System.out.println(acum);
                    

                }

			}
		}
                
                catch(IOException ex){}


		finally {
			textfil.close();
		}

    }

    public static char Convert(char c){

        if(c == 'T'){

            result = 'A';
        }
        else if(c == 'A'){

            result = 'T';
        }
        else if(c == 'G'){

            result = 'C';
        }
        else if(c == 'C'){

            result = 'G';
        }
        return result;
    }

}

Espero te sea de utilidad

saludos

[farfar]

ah cierto, un detalle, los nuevos System.out.println que te puse, cambialos por system.out.print, para que te salgan corridos en una linea y no hagan salto de linea en cada iteracion jeje.


Saludos

[Biokari]

Muchas gracias!!!!