Hola:
Hay muchas librerías java para hacer web services, como METRO, CXF, AXIS, etc.
Con ellas puedes poner el web service en un contenedor de aplicaciones (Tomcat, Glassfish, etc) o arrancarlo con un simple main() como si fuera una aplicación de escritorio.
Si vas a arrancarlo con un main(), puedes hacer un proyecto eclipse normal.
Si vas a hacerlo como un war para un contenedor de aplicaciones, conviene un proyecto eclipse de web con web services porque así te ayudará eclipse a generar el server.xml correspondiente, generar el war e incluos arrancar y depurar. Aunque si estas últimas tareas las quieres hacer a mano, puedes montar el proyecto como un proyecto normal, ya que tu web service no dejaría de ser un jar al que puedes poner un main() para probar. Ese jar tendrías que ponerlo luego a mano en tu WEB-INF/lib.
Si te bajas la librería apache CXF, en el directorio samples tiene muchos ejemplos de cliente/servidor, entre ellos uno que es un web service básico con un main().
Aquí tienes algunas cosas más
http://chuwiki.chuidiang.org/index.p...a:Web_Services
Se bueno.