Hola,
Seguramente estas usando un limpiador como CCleaner o borraste el cache de Java. Los programitas necesitan el archivo .jnlp para desinstalarse. Lo que tienes que hacer es instalarlos de nuevo y volverlos a desinstalar.
Por ejemplo:
Para instalarlo y usarlo
Cita: C:\WINDOWS\system32\javaws.exe "http://www.javafx.com/samples/VideoPuzzle/webstart/VideoPuzzle_browser.jnlp"
Y después, una vez que se ha descargado completamente, y cerraste el programa,
Cita: C:\WINDOWS\system32\javaws.exe -uninstall -prompt "http://www.javafx.com/samples/VideoPuzzle/webstart/VideoPuzzle_browser.jnlp"
Tienes que buscar el programa que usaste y cambiar la ruta del .jnlp por la del programa que quieres desinstalar, lo puedes buscar con el editor del registro y busca el nombre del programa así como aparece en el 'panel de control' -> 'instalar y desinstalar programas'.
Saludos,