Es facil solo tienes que poner estas lineas para crear un jar y firmarlo
//Creamos un fichero para firmar el jar
keytool -genkey -alias Nombre-dname "cn=Nombre, ou=Nombre, o=Nombre, c=es" -keystore fichero.pki -storepass 1234 -keypass 456 -validity 1000
Bueno te comento para que sirve esta linea El 1er nombre es el alias del fichero, en cn y ou pones tu nombre o lo que quieras que sera lo que luego aparezca en el navegador para pedir la solicitud. el fichero.pki sera el fichero que se te va ha crear para firmar el jar despues vienen las claves del certificado cambialas por las que tu quieras y despues vienen los dias que el certificado esta disponible yo he puesto 1000 tu pon lo que creas.
//Despues ejecutamos este comando para empaquetar los .class que lleve el applet
jar cvf nombreApplet.jar *.class
Con esta linea comprimimos los class en jar. Deberas situarte en el directorio donde tengas los class a empaquetar, pero ojo si tienes algun .class mas quita el * y pon el nombre de los ficheros que quieras empaquetar y el nombre del jar puedes poner el que quieras.
//Por ultimo firmamos el jar
jarsigner -verbose -keystore fichero.pki -storepass 1234 nombreApplet.jar Nombre
Tendras que darle los mismos datos que cuando creaste el fichero para firmar.
//En el html o jsp deberias de poner lo siguiente
<applet
codebase = "."
code = "Applet.class"
name = "Applet"
width = "510"
height = "500"
hspace = "0"
vspace = "0"
archive = "nombreApplet.jar"
align = "middle">
</applet>
Aqui deberas de poner en code el .class del applet y en archive el fichero .jar
Si tienes alguna duda ya sabes
Un saludo