Librerías Bouncy Castle. AYUDA!

[ChiGaTTa]

Estoy desarrollando una aplicación en la que necesito generar archivos en formato S/MIME, encriptados, firmados y con archivos adjuntos. Para ello he decidido utilizar las librerías de Bouncy Castle y tengo muchos problemas para comprenderlas y, en consecuencia, utilizarlas.
Soy novata en el uso de Java (pero no en programación orientada a objetos), he conseguido crear un archivo S/MIME multiparte con archivos adjuntos, pero a la hora de encriptarlo y firmarlo me surgen muchos problemas. Sé que debo crear certificados PKCS12 pero no sé cómo, tampoco me sirven de mucha ayuda los ejemplos que vienen en Bouncy Castle ya que no los comprendo.
Alguien podría explicarme cual es el proceso que debo seguir para conseguir los archivos que necesito? A poder ser, no escatimeis en detalles, ya que aún me cuesta comprender cosas obvias para los que ya se mueven bien en Java. Además de encriptación entiendo lo justo.
Estaría muy agradecida con cualquier ayuda. Muchas gracias! Un saludo

[ChiGaTTa]

Aprovecho un up al tema para dar unos cuantos detalles sobre los avances que he hecho:

He conseguido generar un archivo .p12 con el keytool de java. Según lo que tengo entendido, en ese certificado se encuentran la clave publica y la privada. Para encriptar (o firmar un archivo) se usa la clave privada, y para desencriptarlo, la pública. Por eso se supone que debo exportar la clave pública para que pueda ser usada por los usuarios para que desencripten los mensajes que yo haya encriptado.

Lo que no sé es como dar ese paso. He conseguido encriptar y desencriptar un archivo S/MIME con las librerías Bouncy Castle pero se supone que el archivo .p12 no se lo puedo pasar al usuario porque tanto le serviría para encriptar como para desencriptar.

Así que supongo que debo crear una keystore para el usuario, exportar el certificado que tengo en el .p12 del que firma y importarlo en el truststore del usuario. He exportado un archivo .cer pero al intentar importarlo me da el error:
"La entrada no es un certificado X.509"

Alguna ayuda con todo el lío de certificados/firmas/encriptación que tengo?