Generar archivo XML funciona en netBean pero no el .jar

[jlv0362]

Estimados, necesito de su ayuda.
Estoy trabajando en un pequeño proyecto en JAVA, el mismo comienza generando un archivo XML, luego debo leer el mismo.
Estoy trabajando con NetBean 8, el tema es que que cuando lo pruebo dentro del IDE de NetBean funciona bien, cuando compilo y ejecuto el .jar, se genera el archivo pero al querer leer el mismo no trae los datos y es como que el archivo queda abierto. Si quiero borrar el icono del programa jar dice que el archivo está ocupado.
Estoy corriendo todo en distintos windows.
Dejo una copia del proyecto, para probarlo crear en C: una carpeta sisnet, ahi se guarda el archivo config.xml que genero.

Espero que alguien pueda ayudarme y decirme que estoy haciendo mal.

Gracias a todos.
Enlace de descarga
https://1drv.ms/u/s!Anp6aXp4ymhrlRJ_v4FatUTPLYbn

[URL="https://1drv.ms/u/s!Anp6aXp4ymhrlRJ_v4FatUTPLYbn

[Fuzzylog]

Tendrás que incluir trazas de debug en el código para que veas lo q está haciendo diferente si lo ejecutas en netbeans o en jar. Bien puedes volcar las trazas en consola o sacarlas en un fichero de log.

Puede que haya algún problema con las rutas o algo así.