Establecer una accion al cerrar la ventana

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Tengo que hacer algo parecido a una sopa de letras para practicar la escritura y lectura de archivos.

Tengo una pequeña ventana que pide introducir una palabra, esa palabra la busca en la sopa de letras y si está encierra cada letra de la palabra entre corchetes.
La sopa de letras está en un archivo txt, así que cuando encuentran una palabra se modifica el archivo.
Por ejemplo:
El archivo es:

Código:

W R G S
A S A R
E B T O
A C O E

Si escriben la palabra "gato" el archivo se modificará y quedará así:

Código:

W R [G] S
A S [A] R
E B [T] O
A C [O] E

El problema es que como se modificó el archivo, cuando se cierra el programa se queda igual y después si se vuelve a abrir aparece tal y como estaba y si se vuelven a introducir palabras me da errores... entonces quiero que cuando se cierre poder llamar al método que crear nuevamente la matriz, para que quede limpia.

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Perdón pero mal interpreté lo que me mandan a hacer, ahora es lo contrario.

Necesito que haya persistencia de datos, ahora cuando abro el programa, crea una nueva matriz sin ninguna palabra seleccionada.
Esto pasa porque tengo un método que lee la matriz de un archivo "sopa.txt" cada vez que se abre el programa, entonces las modificaciones se hacen utilizando esa matriz que se creo con el contenido de sopa.txt, pero se guarda en asopao.txt.

Pero entonces, cuando se abre el programa nuevamente se crea una nueva matriz con lo que tiene sopa.txt (que es la matriz original, o sea sin nada entre corchetes) y como asopao se modifica a partir de la matriz que se crea con sopa.txt, entonces vuelve a ser una matriz sin las palabras que tenía entrecorchetes. ¿me explico?

[FiruzzZ]

Empezá nomas con tu tarea, cuando tengas una duda específica (problemas con algún código, Exceptions, File, Input/Output Buffers, manejo de String), con gusto te vamos a ayudar

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Al momento de postear, ya lo tenía casi todo, solo me faltaba lo que comentaba, es que había confundido un detalle, pero por eso no había que hacer muchas modificaciones. Pero ya pude resolverlo.