Eummm, aclaremos conceptos y nomenclaturas, que si no nos liamos
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Una web no se hace "en PHP" ni "en Java", lo que haces es crear paginas JSP o PHP que responden a una URL. Juntando unas cuantas de esas crearías lo que se entiende como "una web en...", pero es importante entender que el "web" es más un concepto.
En el caso de PHP las páginas normalmente van más bien por separado, ya que se asocian unicamente por la extensión (que alguien me corrija si ha cambiado por que no soy un experto) pero en Java las JSP están siempre dentro de un "contexto" que es lo que definiría tu aplicación web.
Si entiendo bien lo que dices, tu no tienes que ejecutar JSP en PHP, si no simplemente llamar a URLs que son JSP desde páginas que han sido generadas por PHP. Hasta aqui todo sencillo. El único problema que se te podría dar es que intentaras compartir datos entre los dos tipos de programas, ya que no comparten la "sesión". Pero pasandose la información por parametros o por BDD, no debería ser mucho problema.
De todas formas, mezclar las dos formas de hacer las cosas no suele tener mucho sentido, excepto en caso de necesidad imperiosa.