Hola mveraa!!!
Vamos a ver si te puedo contestar a alguna de tus preguntas.
Cita: ¿alguien me puede decir si puedo programar el java con el php juntos o solo se puede en java ?
Primero deberías pensar que es lo que quieres, si tu objetivo es hacer páginas PHP con applets pues se puede sin problemas, si tu objetivo es hacer páginas jsp, pueden convivir en el mismo servidor pero no mezclarse. Es decir en un mismo portal puedes tener una sección en PHP y otra en JSP, lo que no puedes es generar una página html con PHP y JSP a la vez.
Cita: ¿ tengo que tener un hosting especial para usar el java ?
Si tu objetivo es hacer applets no necesitas nada, (sólo rezar para que la máquina del cliente tenga correctamente instalada y configurada la máquina virtual java
). Sin embargo si vas ha hacer páginas jsp o servlets, necesitas un servidor webs que precompile las páginas como puede ser el TOMCAT.
Cita: ¿cuales son sus ventajas ?
Ventajas frente php?? Pues salvo casos muy concretos en los que haces las cosas en JAVA o no va ni pa lante ni pa tras, es cuestión de gustos y conocimiento del lenguaje. Un ejemplo de lo que te comento puede ser la necesidad de "hablar" con algún periferico a traves de librerias escritas en C.
Cita: ¿ y por ultimo donde puedo sacar un buen manual de java?
Bueno ahi te dejo unos cuantos links, pero lo mejor para aprender es pejarse unas cuantas horas haciendo cosas que te parecen imposibles
http://www.efn.uncor.edu/departament...ntos/Java2.pdf --> Aprenda java como si estuviese en primero
http://programacion.com/java/cursos.htm --> Fuente inagotable de manuales y tutoriales
http://java.sun.com --> pagina de Sun
http://www.javahispano.org --> sitio hispano donde se puede seguir las ultimas noticias de JAVA, conseguir tutoriales ....
http://www.jguru.com/ --> similar al anterior, mas completo, pero en ingles.
http://www.eclipse.org/ --> Editor de java muy completo (open-source)
http://www.intellij.com/idea/ --> Otro editor muy bueno (por licencias)
http://www.borland.com/products/down..._jbuilder.html --> editor de JAVA que permite diseñar ventanas. (se puede descargar una version de evaluación)
http://www.jboss.org/index.html --> Servidor de aplicaciones
Espero te sirva,
un saludo
kripton