Hola yo tb he tenido ese problema al crear un fichero .properties el cual queria actualizar para los users=passwords, te pongo el codigo que uso para acceder al fichero de la aplicación.
Desde el servlet o el action donde inicies la actividad de llamar al fichero obtienes la ruta real de ejecucion de tu aplicacion con:
servlet.getServletContext().getRealPath("")
esto se lo pasas como parametro a las clases que necesites para llamar al fichero. Eso será la ruta de la aplicación Web. después para acceder al fichero dentro de la clase, añades la ruta donde hayas ubicado tus ficheros. y ya accedes a el.
te pongo lo que use en mi caso:
Código:
//donde accedo al fichero para leer ...
public PropiedadesUsers(String ruta) {
ruta=ruta+"/WEB-INF/usuarios/";
FileInputStream is = null;
try {
is = new FileInputStream(ruta+ficheroParametros);
//ficheroParametros es solo el nombre de mi fichero guardado en un string ...
//... donde accedo al fichero para escribir ...
public void setParametro(String clave, String password, String ruta){
ruta=ruta+"/WEB-INF/usuarios/";
FileOutputStream out= null;
prop.setProperty(clave, password);
try {
out = new FileOutputStream(ruta+ficheroParametros);
prop.store(out, "Usuarios/claves");
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
//...
Espero que te sirva, que yo no encontre demasiado de esto por ahi. un saludo