Lo que quieres es algo así:
Código:
Runtime.getRuntime().exec("cls");
Ojo, porque es sistema dependiente, en linux sería "clear" en vez de "cls" ;)
Se me ocurre que puedes incluso manejarlo con un método:
Código:
private static void limpiarConsola()
{
try
{
String os = System.getProperty("os.name");
if (os.contains("Windows"))
{
Runtime.getRuntime().exec("cls");
}
else
{
Runtime.getRuntime().exec("clear");
}
}
catch (Exception exception)
{
// Lo que sea que quieras hacer para esta excepción.
}
}