Comparación huellas lenta

[miguec04]

Estoy usando un huellero digitalPersona y este trae unas librerías para java dentro del cual trae una clase para comprar dos huellas, yo ya tengo 2 mil huellas guardadas en base, y yo estoy comparando huella a huella de la base de datos con la que se captura al ingresar, pero el problema es que es demasiado lenta esta comparación, quise hacer esto por una consulta pero no encontré una función que me pase a binario la huella capturada, no se que hacer y el problema es que aun faltan mil huellas mas osea quedarían unas 3 mil gracias por alguna idea de que hacer