Bug en NetBeans 6.9.1?

[E_Blue]

Hola, tuve un problema, que ya solucione, con NetBeans IDE 6.9.1 pero me gustaría entender porque ocurrió.

El problema era el siguiente, estuve mirando un proyecto bastante grande con muchos paquetes y clases, pero como tenia demasiadas referencias sin resolver solo me limite a observar, luego cree un proyecto nuevo para hacer una prueba pero me daba el siguiente error.

java.lang.NoClassDefFoundError

Y luego debajo me indicaba las lineas de las clases que tenían problemas, pero esas clases eran del proyecto anterior que yo no estaba corriendo.
Opte por cerrar el otro proyecto y dejar solo mi nuevo proyecto

Código Javascript:

/*
 * To change this template, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */
package unix_time_test;
 
/**
 *
 * @author YO
 */
public class Unix_Time_test {
 
    /**
     * @param args the command line arguments
     */
    public static void main(String[] args) {
        // TODO code application logic here
        System.out.println("Tiempo UNIX: "+(System.currentTimeMillis()/1000));
    }
}
 

Como ven el programa es muy sencillo y sin referencias a librerías de terceros, sorpresa para mi cuando ni siquiera haciendo un Clean & Build se solucionaba el problema.
Buscando en la red me encontré con una solución, no muy elegante, según mi punto de vista, pero que si funciono.

Resulta que hay que cerrar NetBeans ir a la carpeta de usuario en Windows -->.netbeans\7.1 y borrar todo su contenido.

¿Alguien entiende que puede haber ocurrido?
Es la segunda vez que me ocurre, la vez anterior no recuerdo como lo solucione.