Ayuda Creando compilador (Analisis lexico)

[Varaos]

Saludos a toda la comunidad...

Estoy haciendo un compilador y estoy empezando la etapa de analisis lexico, mas especificamente en la eliminacion de los comentarios: "Se supone un comentario empieza con un arroba y culmina con un enter"

PD: En el codigo donde dice "arroba" va el verdadero signo.

este es el codigo:

Código PHP:

   String varPrincipal=areadetexto.getText();
        int longitudCadena = varPrincipal.length();
        char arreglo[] = new char[longitudCadena];
        for(int i=0;i<longitudCadena;i++){
            arreglo[i]=varPrincipal.charAt(i);
        }
         boolean bandera = false;
         int pos1=0, pos2=0;
         String comentario="";
         int longitudCadena1 = varPrincipal.length();
         for(int i=0;i<longitudCadena1;i++){
            if(arreglo[i]=='arroba'){
                if(bandera==false){
                     bandera=true;
                     pos1=i;
                }
            }
            if((byte)arreglo[i]==10 && bandera==true){
                pos2=i;
                comentario=varPrincipal.substring(pos1, pos2);
                jComboBox1.addItem(comentario);
                bandera=false;
                
            }
            //varPrincipal=varPrincipal.replace(comentario, "");
            //areadetexto.setText(varPrincipal);
        } 
   

El problema me surge cuendo intento actualizar la area de texto con el texto sin los comentarios(ver el codigo en color naranja), me elimina algunos, otros no y algunos incompletos, a que creen que se deba esto?

Gracias de Antemano