Hola en la sesion de faqs puse un post acerca de esto.
pero por adelanterte un poco. en el Web.xml has algo como esto.
Código PHP:
<resource-ref>
<description>coneccion_prueba</description>
<res-ref-name>jdbc/mysql</res-ref-name>
<res-type>javax.sql.DataSource</res-type>
<res-auth>Container</res-auth>
<res-sharing-scope>Shareable</res-sharing-scope>
</resource-ref>
el server.xml aguanta no lo modifiques aun eso que sea tu ultima alternativa.
crea dentro del directorio META-INF un archivo llamado content.xml con el siguiente contenido.
Código PHP:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Context path="/prueba" docBase="/home/lino/sitios_web/prueba" reloadable="true">
<Resource name="jdbc/mysql" auth="Container" type="javax.sql.DataSource" maxActive="50" maxIdle="5" maxWait="20000" username="root" password="root" driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver" url="jdbc:mysql://localhost:3306/database"/>
</Context>
cambia los directorios y lo que no te sirva. pero la estructura conservala.
si por algun motivo extraño no te funciona lo que pusiste en el archivo content.xml ponlo en server.xml
PD: recuerda poner el jar de tu conector de BD en el lib de tu aplicacion y en el lib de tomcat.