Archivos en Java 
Estoy realizando un proyecto utilando servlets y EJB y dentro de uno de los EJB necesito abrir archivos para realizar busqueda de textos dentro de ellos pero no se
que utilizar para la apertura de archivos grandes, ademas tampoco he podido abrir archivos con formato PDF. Actualmente estoy utilizando las clases FileReader y BufferedReader.Otro inconveniente es poder ejecutar este codigo de manera automatica, es decir, que el sistema lo ejecute. He pensado que lo ideal seria llamar el archivo del programa que estoy desarrollando desde un .bat en Windows o un .sh en Linux y arrancarlo desde el sistema pero no se que tan buena idea sea.
Por favor si alguien me puede ayudar en alguno o en los 2 inconvenientes que tengo le agradeceria mucho....
