En W2000 el administrador, como cualquier otro usuario del sistema, para poder cambiar los permisos de una carpeta o archivo tiene que tener autorización, es decir, en los permisos NTFS de ese objeto tiene que aparecer el Administrador o un grupo que lo incluya.
Si no tiene permisos y el objeto pertenece a otro usuario, el Administrador, a priori no puede cambiar los permisos, sin embargo puede tomar posesión del mismo y, una vez que la carpeta o archivo es suyo, ya puede hacerlo.
Moraleja: el Administrador SIEMPRE puede cambiar los permisos.
Por eso en tu caso yo miraría:
Si el Admin está incluido en la lista de permisos.
Si lo está, miraría si tiene permisos suficientes.
Si no lo está y no me deja incluirlo o no deja ponerle permisos, significaría que no es el propietario.
Entonces tomaría posesión y lo cambiaría.
Espero que este discurso

te sirva para algo.
Saludos y suerte.