Hola, el problema NO es que este o no en NTFS o FAT, la situación es que se deben configurar las aplicaciones hechas en DOS para que funciones con XP.
Como primer consejo, crea un acceso directo a la aplicación, luego le das botón derecho y seleccionas compatibilidad y ahí seleccionas que sea compatible con Windows 95 o Windows 98/Windows Me. De esa forma debería funcionarte.
La otra opción, es que te hagas un config propio para esa aplicación.
Aquí te dejo un enlace de como se hace eso y otra opción aparte del config:
Windows 2000 no tiene config.sys ¡¡¡¡