Desde siempre se ha podido particionar los discos, dividir un disco en particiones tienes muchas utilidades, como poder instalar varios sistemas operativos en cada una, en muchas maquinas con software preinstalado podras ver que el disco ya viene con varias particiones creadas... esto se vuelve muy practico en el momento en que divides el espacio en donde esta instalado el SO y el sitio donde almacenas tu data, de esta forma le evitas mucho trabajo al SO y al computador mas propiamente dicho al momento de paginar e indexar informacion...
Dicho de otro modo crear una particion aparte para almacenar tus datos es muy recomendable porque mantienes el rendimiento de tu maquina independientemente de la cantidad de informacion que tengas almacenada..
Yo por ejemplo tengo 5 particiones en una instale Win7, en la otra redirecciono todas las instalaciones cada vez que instalo un programa, de este modo cada vez que instalo un juego que puede llegar a ocupar mas de 10 gigas instalado no tengo toda esa info basura en la misma particion de booteo todo el tiempo, tengo una tercera particion para el booteo de Ubuntu 9.10, una cuarta para el home que es la particion del equivalente a la carpeta "Mis Documentos" en GNU/Linux y una quinta que es la particion de area de intercambio de linux que es una particion obligatorio de linux y es la que el mismo usa para la memoria virtual...
Todo eso parece complicado si nunca has instalado un SO pero creeme que no lo es, si llegas a tener la oportunidad de hacer pruebas con una PC buscate un disco de instalacion de Windows y configura el setup(BIOS) de tu maquina para que arranque desde el CD y veras que todos los pasos que debes seguir son muy intuitivos para crear tus particiones e instalar el SO en una de ellas...
Luego solo te bastaria direccionar la carpeta de documentos a la segunda particion lo cual es muy facil.. le das click derecho y en propiedades buscas ubucacion, si por lo menos en tu segunda particion de datos creaste una carpeta llamada "Data" todo lo que tendrias que hacer es poner la ruta de esta carpeta con la letra de la unidad que halla tomado... podria ser algo como esto: "D:/Data/"
Eso en el caso de Windows XP en vista y 7 las sub carpetas de la carpeta "Documentos" deben ser redireccionadas individualmente, es decir deberas repetir ese paso para la carpeta "Imagenes" "Musica" "Documentos" etc etc etc...
Disculpa si en algun momento fui muy basico, espero te halla servido para ver la ventaja de tener una particion aparte de datos
EDIT: ahhhh habia leido mal, creo que tambien te refieres a esa particion de 100 megas que se crea ineludiblemente, la verdad?, weno segun tengo entendido esta relacionada con el BitLocker... aqui tienes info al respecto: http://es.wikipedia.org/wiki/BitLocker_Drive_Encryption