Veo que es muy frecuente la pregunta sobre como utilizar este comando por lo que deseaba hacer un pequeño manual pero antes de eso me puse a buscar en internet para evitar "hacer lo ya hecho" y encontré una guía sencilla de seguir. A partir del punto 5 es que empiezan a explicar el FDISK pero les recomiendo leerlo desde el principio ya que es muy corto y didactico.
FDISK
Este otro esta en PDF y explica como usar el FDISK y FORMAT.
FDISK y FORMAT
y otros
FDISK
FDISK
Saludos y espero les sea de utilidad.