Hagamos cálculos...
Tenemos que 2,5 GiB se convierten en 1,2 GiB. Es decir, tenemos desperdiciados 1,3 GiB. Más de la mitad. Convirtamos eso en KiB.
1,3 GiB = 1.331,2 MiB = 1.363.148,8 KiB
Repartimos el exceso entre los archivos:
1.363.148,8 KiB / 111.548 archivos = 12,22 KiB
Según
Wikipedia, el tamaño de bloque mínimo en EXT3 es de 1 KiB. Si no he entendido mal los conceptos, eso implica que usando un tamaño de bloque de 1 KiB, de media EXT3 desperdicia 512 Bytes (0,5 KiB) por cada archivo. Es decir, en este caso:
111.548 archivos X 0,5 KiB = 55.774 KiB = 54,47 MiB
Para que nos saliera el resultado de 1,3 GiB, hemos dicho que cada archivo debería desperdiciar de media alrededor de 12 KiB. Eso implica un tamaño de bloque de 24 KiB. No sé si es posible, he estado buscando en Google, y por lo visto el tamaño mínimo es de 512 Bytes, y un tamaño de 4 KiB parece bastante normalito. A lo mejor 24 KiB es una burrada. Además hay que tener en cuenta que el espacio desperdiciado por el sistema FAT32 es algo mayor que el espacio total ocupado por el sistema EXT3. Eso significa que con un tamaño de bloque de 24 KiB, la mayoría de esos 111.548 archivos deberían tener un tamaño inferior a los 12 KiB. Es razonable, teniendo en cuenta que en base al espacio ocupado en EXT3, el tamaño medio de los archivos es de 11,28 KiB.
Tal vez la explicación al problema sea otra.