Para redes ED2K, te recomiendo que uses aMule.
Sobre seguridad, olvídate del modo de funcionar con MS Windows. Por diversos motivos, en GNU/Linux no tenemos los problemas de virus y spyware que hay en MS Windows. Sí que existen antivirus para GNU/Linux (uno libre es ClamAV), pero se dedican sobre todo a detectar y eliminar virus que han sido diseñados para MS Windows, que son la inmensa mayoría. Estos virus, al estar diseñados para MS Windows, no deben preocuparte en GNU/Linux, son inofensivos. Por eso la mayoría de usuarios de GNU/Linux ni usamos antivirus. Y el cortafuegos (iptables) viene ya incluido de serie en el núcleo del sistema operativo, lo único que necesitarás es un front-end para la configuración del mismo (prueba Firestarter).
Las medidas de seguridad más importantes que debes aplicar son las siguientes:
- Mantén tu sistema puntualmente actualizado.
- No instales software de procedencia poco fiable (olvídate de software crackeado y demás fauna).
- Utiliza por norma general una cuenta de usuario sin privilegios para las tareas cotidianas. La cuenta de administrador (root) sólo debes usarla para eso, para tareas de administración y nada más.
- Usa el sentido común (paradójicamente, el menos común de los sentidos)
Y por lo demás, simplemente disfruta de tu nuevo sistema operativo, y no te rindas ante las pequeñas contrariedades, que seguro que tienen solución.