Pues al final he dejado la Jaula SSH por grupos a una carpeta con contenido y parece funcionar sin problemas, eso si sin alardes de RSSH ni nada parecido :)
Sobre eltema de los permisos en carpetas no enjauladas estoy viendo SuPHP aunque no me acaba de quedar muy claro su uso pero vaya ahi sigo leyendo