Los gestores de arranque (como grub o lilo) tradicionalmente han tenido problemas para acceder a datos que están más allá de los 1024 cilindros, por lo que siempre se recomendaba que la partición /boot (o el directorio /boot en caso de no tener dicha partición) quedara dentro de ese rango (creo que era dentro de los primeros 504 Mbytes). Esto ducedía por problemas de "comunicación"
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con la BIOS y otras cosas más (date una vuelta por
http://www.escomposlinux.org/Faq/FAQ...V2.0.2-30.html para una explicación más técnica). Eso provocaba que el PC no arrancara.
Actualmente, dicho problema parece haber sido solucionado. Es decir, si usas un PC con hardware razonablemente nuevo y un gestor de arranque actualizado, no deberías tener problemas. En los raros casos en que algo falla, hay opciones más fáciles que reparticionar y reinstalar todo.
De todas maneras, siempre es buena idea poner la partición /boot al inicio de disco duro, especialmente en caso de discos duros muy grandes.