Los gestores de arranque (como grub o lilo) tradicionalmente han tenido problemas para acceder a datos que están más allá de los 1024 cilindros, por lo que siempre se recomendaba que la partición /boot (o el directorio /boot en caso de no tener dicha partición) quedara dentro de ese rango (creo que era dentro de los primeros 504 Mbytes). Esto ducedía por problemas de "comunicación"
con la BIOS y otras cosas más (date una vuelta por
http://www.escomposlinux.org/Faq/FAQ...V2.0.2-30.html para una explicación más técnica). Eso provocaba que el PC no arrancara.
Actualmente, dicho problema parece haber sido solucionado. Es decir, si usas un PC con hardware razonablemente nuevo y un gestor de arranque actualizado, no deberías tener problemas. En los raros casos en que algo falla, hay opciones más fáciles que reparticionar y reinstalar todo.
De todas maneras, siempre es buena idea poner la partición /boot al inicio de disco duro, especialmente en caso de discos duros muy grandes.