Si lo que quiers e smantener tu particion Linux intacta tendras que usaar un programa como
Partition Magin de Symantec o
Partition Manager de Radish te recomiendo, antes de seguir nos proporciones los siguientes datos:
Boot manager que usas (lilo, grub, etc)
Particiones existentes y que tienes instaladas en cada una, ejemplo:
hda1 winodws2000
hda3 linux
hda4 swap
Si este fuera el caso y tu ditribucion fuera Debian
Primero tendiras que hacer lo siguiente:
Haz un Back-up de tus datos
Usa Partition Manager o Partion Magic para reducir hda1 la cual seria tu particion primaria en hda1 que es tu primera particion deberas instalar Win98 por lo que el tamaño de hda1 dera segun tus requerimentos y tus deseos, luego creas un particion secundaria en el esp[acio que dejaste libre despues dee reducir la particion hda1 o "C" la cual linux le asignara hda5 y en windows seria tu unidad "D", en hda5 o en "D" sera donde instales Windows 2000.
Reinicia tu pc con el disco de windows 98 y formatea la unidad C y D
Instala primero Winodws 98 en C
y luego instala Windows 2000 en D
Nunca he usado el tal windows2000 pero por lo que se trae un boot manager no te preocupes de esto al finalizar la instalacion de windows 2000 reinicias tu pc con el disco de linux de Obuntu la cual esta basada en Debian
Y como no se que tipo de boot manager estas usando te pongo lo que tienes que hacer para hacerles una restauracion:
LILO
introduce tu disco de instalación de Debian y el cuando te salga
boot: pones
rescbf24 root=/dev/hda3 (en caso de que tengas tu / en hda3, ya sabes
ajústalo según tu configuración)
Entrarás a tu sistema normalmente. Loguea como root y escribes en la
línea de comando
$ lilo
GRUB
apra esto te hice le favor de buscarlo en google porque no sabia como hacerlo
http://www.linuxers.cl/content.php?article.33
Suerte