Pues mira amigo, todo depende de varias cosas, cual sea tu distro, si quieres instalar un rpm o quieres compilar las fuentes del paquete.
Te podria dar explicacion de todos, pero creo que lo mejor es que antes de nada, leas un poco sobre el tema.
Visita cualquier web de linux, por ejemplo
http://www.escomposlinux.org y vete a unas faqs que tienen alli, que son como un verdadero manual para el pricipiante.
No obstante, las grandes distros comerciales, traen su propio gestor de paquetes, generalmente para rpm, la sintaxis básica de este comando para instalar sería:
rpm -iv paquete.x.x.x.rpm - instalar
rpm -Uv paquete.x.x.rpm -actualizar
rpm -e paquete.x.x.rpm -eliminar
(hay montones de opciones más)
pero claro, te surgen temas, como las dependencias etc.. mira la documentacion que te digo.
Si hablamos de compilar, esto quiere decir que instalaras el paquete esde su fuente y ajustandolo exactamente a las exigencias de tu pc, lo cual es optimo, pero esto es otra historia.
Por otra parte hay distribuciones como la que uso, Debian, o Gentoo, que te bajan instalan y resuelven las dependencias de los paquetes, pero hay que pagar un precio por esto...si algun dia migras a Debian sabras cual.
Saludos
Herje