Gracias por la ayuda del script, era "casi" lo que había hecho, sólo que no le había puesto el atributo de ejecución. Muy mal ya lo sé, pero eso me pasa por ser novata.
Ahora tengo otro problema, si quiero detener el servicio ¿cómo hago?, básicamente he hecho un script parecido al de arranque, pero he sustituido su contenido, sustituyendo la línea que me levantaba el servicio por la que lo detiene y claro está sustituyendo la "S" por la "K", aunque mantengo la misma numeración "S99tomcat" y "K99tomcat", esto en los niveles 3, 4 y 5.
Claro está que era mucho esperar que esto funcionara, así que ¿Cómo hago para detener al tomcat cuando salgo de un nivel donde los estoy activando?, si es que esto se puede hacer.