RedHat Linux 9.0 está caduco. RedHat ya no ofrece actualizaciones de es te S.O.
FreeBSD 5.1 no es estable. La última versión estable es la 4.9. A mi me gusta bastante, pero es que soy un "fanático" de este S.O.
Fedora es considerado el sustituto del Redhat "libre". Tienes el Redhat Enterprise pero es de pago.
Si tienes más experiencia con Linux que con Unix, elije Fedora. Si sabes más de Unix, FreeBSD. Si dominas los dos por igual, sin duda FreeBSD.
Si no dominias ninguno, sólo es cuestión de echarle ganas e ir aprendiendo.