Esto me suena al clásico virus de autorun... Mi memoria se infecta con cierta frecuencia al pasar archivos a los Windows de mis amigos...
No se si te sirva de la misma forma que a mi, pero te diré lo que hago para eliminar estos molestos virus:
- Abro la memoria en nautilus, y le pongo
Ver > Mostrar los archivos ocultos (También funciona Ctrl+H).
-Normalmente los archivos infectados está bloqueados (Se ven con un candado), los selecciono con Ctrl (También las carpetas), y con clic derecho selecciono las propiedades.
-Me voy a los permisos, y en la sección de "propietario", en
acceso a la carpeta selecciono "Crear y borrar archivos", y en
acceso al archivo selecciono "Lectura y escritura". Antes de dar aceptar, presiono el botón abajo de "Aplicar los permisos a los archivos contenidos". Ahora si doy aceptar.
Con esto, solo resta eliminar los archivos no deseados, y eliminar también la carpeta .trashes
A ver si te sirve, suerte