Hola
Bueno, te comento un par de cosillas, en medios presentados en pantalla, las medidas son pixels, con lo que una medida fija y específica como centímetros puede ser difícil de repsresntar, me explico con un ejemplo.
SUpongamos que diseñas tu popup o ventana de 5 x 5 cm en un monitor a una resolución de 800 x 600 pixels, para un usuario con una resolución de 1024 x 768 pixels, la ventanita en cuestión tendrá aproximadamente 4 centímetros y para un usuario de 640 x 480 pixels, tendrá unos 12 centímetros.
Así que recuerda haz el diseño en pixels o en porcentajes, de esa manera tu estructura se mantendrá lo más parecida posible a lo que quieras en las diferentes pantallas.
Respecto a la apretura de la pantalla, tienes diversas mecánicas, pero esta, por ejemplo, te puede servir:
Código:
<script type="text/JavaScript">
function abrir_ventana(x,y,z) {
var ventana = window.open(x+".htm", x, "width="+y+", height="+z+", status=no, scrollbars=no, toolbars=no, menubar=no");
}
</script>
<body>
haz clic <a href="javascript:abrir_ventana('tu_pagina',250,300)">aquí</a> para abrir una ventanita
</body>
Ese sencillo ejemplo te abre una ventana llamando a un archivo .htm llamado 'tu_pagina', es decir, llama a tu_pagina.htm y le asigna 250 pixels de ancho y 300 pixels de alto.
Suerte
Felicidad