Yo usaba Marcos y tablas pero la verdad que me estoy decantando por las capas <div>, CSS y uso inlude para meter el menu.
Como si de un marco se tratase creo menu.php y luego en el index.php pongo <?php include 'menu.php';?> de esta forma con actualizar el menu.php se actualiza en todas las demas paginas.
Ademas yo diria que se pueden poner scrolls en las capas y de esta forma simulas un marco dejando estatica la pagina y moviendo con el scroll el contenido de la capa.
Esa es mi opcion Tablas lo minimo, y marcos si puedo no los uso. (desde hace poco).