Creo que te entendí (aunque deberías explicar mejor tu problema), lo que debes hacer es poner un salto de línea antes del footer, para que este se mantenga al final. Y si estas usando (no lo mencionas) un float, puedes aplicar un clear.
HTML
Código:
<div id="contenedor">
<div id="bloque">Contenido</div>
<div id="bloque2">mas contenido</div>
<br class="borrar_float" />
<div id="footer">Aca el pie de página</div>
</div>
Ahora el CSS (en caso de tener float en los divs.)
Código:
.borrar_float { clear: both }
Y si no tienes float en los divs, solo hay que hacer un salto de línea sencillo, y así el pie de página permanece siempre abajo de lo demás.