Primero que todo, tu sitio ¿Tiene plantilla? Si tienes plantilla, te conviene directamente colocar un código en la plantilla, en síntesis:
1) Crea el archivo de 16x16 pixeles con extensión .ico
2) Subelo a la carpeta raíz de tu servidor
Luego:
A PARTIR DE LA PLANTILLA
3a) En la plantilla, colocas esto, en el head:
Cita: <link href="../carpeta/mifavicon.ico" rel="shortcut icon"/>
mifavicon.ico es tu archivo .ico y "carpeta" es la carpeta donde está alojado (a partir del raíz)
Luego actualizas los archivos asociados a la plantilla y listo, ya se ve desde cualquier archivo.
3b) A PARTIR DE LA UN ARCHIVO HTML:
Cita: <link href="../carpeta/mifavicon.ico" rel="shortcut icon"/>
mifavicon.ico es tu archivo .ico y "carpeta" es la carpeta donde está alojado (a partir del raíz)
El problema, es que, si no trabajas con una plantilla, tendrás problemas para actualizar tu sitio. Mi consejo: Si no tienes una plantilla en tu sitio, rediséñalo con una plantilla, te ahorrarás muchos meses de trabajo. Saludos