yo siempre he usado filezilla y nunca he tenido problemas, aunque ciertamente no es conveniente usar el administrador de ftp que incluye ya que no encripta las contraseñas y cualquiera puede tener acceso a ellas.
aquí te paso un articulo que te puede ayudar a mejorar la seguridad, si decides seguir usando filezilla.
-> clic aquí
Por cierto, si el problema ha sido por filezilla debes de pensar que no es completamente fallo de este, si no que alguien con acceso a tu PC aya ingresado con malas intenciones.... o bien tienes infectada tu PC por lo que requieres de manera inmediata desinfectar todo, ya que de poco servirá cambiarte a otro administrador FTP.
Alternativas gratuitas no conozco pero de paga esta FlashFXP, no es muy caro y el tiempo que lo use estuve muy agusto con el, yo lo deje porque me retire de la empresa donde trabajaba y no quise pagar la licencia en ese momento.