si se puede 
 
en tu iframe pones por ej 
<iframe name="web.php" scrolling="no" width="792" height="215" src="tu_archivo.php" frameborder="0" AllowTransparency></iframe> 
y en la pagina 
tu_archivo.php en el body pones  
style="background-color: transparent;" 
ej
<body style="background-color: transparent;">  
tu propiedad AllowTransparency hace la transparenia 
saludos