Hola.
Aunque no tenga nada que ver con PHP, te contesto porque últimamente he estado enterándome algo de este tema a raiz de que tengo una página de error 404 personalizada con aviso por email de accesos y me llegan muchos mensajes diciendo que no se encontró el recurso favicon.ico
Si buscas en Google encontrarás explicaciones. Concretamente en
www.favicon.net lo explican bastante bien.
Si pones el icono en tu web, te agradecería me dijeras cómo lo has hecho. Porque según dicen, el icono aparece si la página está en favoritos. Y estoy seguro de que debe haber una forma para que aparezca sin que tenga que estar la página en favoritos. De hecho hay páginas en las que veo el icono y no las tengo en favoritos.
Suerte.