En XHTML es necesario usar CDATA para lograr la validación de W3C y soporte de ciertos navegadores. Algo como esto:
Código HTML:
<script type="text/javascript"> /* <![CDATA[ */ $(document).ready(function() { // }); /* ]]> */ </script>
Todavía lo uso, tanto para los styles incrustados en el header como para los javascripts y a mi parecer ya deben estar sobrando y ni cuenta me he dado. :-/