Hola
hacer un código limpio, basicamente significa seguir las normas del lenguaje que utilices. Claro que tambien implica pensar bien como quieres estructurar la página antes de empezar a hacerlo (o corregirlo despuésde hecho).
Yo recomiendo hacer el código limpio desde el principio, así no hay que trabajar doble.
Otra cosa, es que si utilizas los validadores del w3c, puedes saber si tu código es válido, lo cual no tiene relación directa, pero suele resultar relacionado, es decir, si tu página es válida, suele estar bastante limpia.
http://validator.w3.org/
En esa página las validas o chequeas y en ella encuentras el vínculo para chequear los css tambien.
En mi opinión, tambien se logra un código mejor, si utilizas las tablas para lo que son, presentar información tabular y para montar la página, utilizas contenedores, por ejemplo <p>, <div>, <span>, etc...
Apúntate esta página que es la recomendación oficial del html 4.01, si lo sigues, deberías tener un código bastante eficiente:
http://www.w3.org/TR/html401/
Si quieres un código aun más pequeño y eficiente, puedes utilizar eso:
xhtml: (strict)
http://www.w3.org/TR/xhtml1/
css:
http://www.w3.org/TR/CSS2/
SUerte
Felicidad