Aleph a dado un buen concepto y concuerdo con él en algo me siempre he mantenido: el 'mal uso' del HTML para estructurar una página. Las capas son tus amigas, úsalas, pero primero aaprende a usarlas. La mayoría de los efectos de movimientos es una mezcla de JavaScript con CSS (DHTML) y las capas las puedes utilizar MUCHAS y abusar de ellas siempre y cuando sepas lo que haces.
En
mi página utilizo sólo capas para la estructuración, y algunas tablas para mostrar datos, que es lo que yo creo su verdadero uso: mostrar datos, no estructurar una página. En una tabla puedo meter (por ejemplo) los valores de un gráfico! en las capa organizo como va a ir la información.
Aparte de mi página que es un 'capero' total (hay muchísimas capas) hay otras más sencillas con las que se puede empezar para ir aprendiendo como diagramar y organizar una página web con capas (posicionamiento de capas):
Alistapart - Publicación semanal muy dedicada al diseño web 'como debe ser' con interesantes discuciones
Glish - Técnicas de diagramación en CSS
Blue Robot - Más técnicas, es un sitio muy unido a Glish
w3schools - Buen sitio para ir revisando lo básico del posicionamiento de capas.
w3.org - La que se hace llamar la organización responsable de decir 'cómo' funcionan las capas, la verdad una referencia obligada...
Si, la mayoría de los sitios son en inglés, pero no queda otra, bienvenidos a la red.