Te comento, programas tienes muchos, pero depende de lo que quieras hacer.
Para crear VCD, SVCD, etc... te recomiendo bien TMPGEnc, bien Canopus Procoder, que para iniciarse son de lo mejorcito.
Otra cosa, si ya tienes hecho un VCD, no te sirve de nada pasarlo a un formato de superior calidad (SVCD, DVD) porque no vas a ganar nada de calidad (de donde no hay no se puede sacar).
Si el original es un DVD, te recomiendo DVD#VCD para pasarlo directamente a MPG en el formato que sea (VCD, CVD, SVCD...)
www.mundodivx.com/mpeg/dvd2mpg.php
Y para los menús, ya depende de si lo vas a grabar en CD o DVD. Para DVD uno sencillo de usar es éste:
www.mundodivx.com/dvd/autoria.php (fijate que los archivos MPG sólo pueden estar en formato VCD, CVCD, CVD o DVD para que funcione, pero esto vale para cualquier programa de autoria DVD... sobre todo mira que el SVCD es un formato NO soportado en las autorías). Para CD puedes probar con el mismo Nero, normalmente en CD los menús son muy simplones.
Saludos