Pues, no, de hecho, no manejo mucho de soft de autoría, uso el TMPGEnc DVD Author, solo para cosas simples... Y lo que he visto es que nos soft de autoría te aceptan el video ya en el formato correcto, excepto el DVD Architect de Sony que hace todo el numerito de codificar, recodificar y crear la autoría, aunque tarda igual que pasarlo por el TMPGEnc y meterlo al soft que queiras, a mi gusto el TMPGEnc al ser un pequeño programita dedicado a la codificación de video da más calidad, inclusive suaviza los bordes duros y hace que se vea genial, así que por pérdida de calidad no deberías preocuparte, pero... Receruda que vas a aumentar el tamaño de salida, lo cual lleva una interpolación y eso ningún soft te lo va a dejar perfecto, pero sí muy acercado, puedes probar con los presets de calidad del TMPGEnc si no te convence la misma, claro que tendrá sus horas de render a cambio.
Sobre softs de autoría, los que mencionan por aquí y que son muy buienos son el DVD Architect de Sony, el DVD Lab Pro y el Adobe Encore...